本发明公开一种非挥发性存储器元件及其制造方法，其中该非挥发性存储器元件的制造方法，包括在基底内形成元件隔离结构、在基底上形成浮动栅极、内层介电层与浮动栅极接触窗以及于内层介电层上形成内连线结构。所述内连线结构包括交替堆叠的多层金属层与多层金属层间介电(IMD)层以及连接上下金属层的多个介层窗。在所述方法中，形成内层介电层之后，在元件隔离结构上方的内层介电层与金属层间介电层中的至少一层内，同时形成第一梳型接触窗作为浮动栅极延伸部以及第二梳型接触窗作为控制栅极。在形成所述内连线结构期间，同时形成电连接浮动栅极延伸部至浮动栅极接触窗的结构。