本实用新型提供了一种基板清洗系统，其包括：用于水平输送基板的下输送装置及上输送装置、升降装置、沿下输送装置依次设置的对基板进行清洗的等离子清洗装置、第一水洗装置、超高压微喷射清洗装置及对基板进行风干的风干装置，所述升降装置用于将基板从下输送装置转移至上输送装置，上输送装置及下输送装置上下对应设置且输送方向相反。本实用新型的清洗系统通过将等离子清洗装置及超高压微喷射清洗装置与普通清洗装置进行组合，然后与上下输送装置结合，对基板进行多次清洗，使得清洗效果大大增强，进而提高了产品的质量。