本发明公开了一种叶子鱼小肽的发酵酶解制备方法，过程包括：将叶子鱼粉碎、脱脂、水解，得水解液；以复合酶对水解液进行酶解，得到酶解液；用微生物对酶解液发酵，得发酵液；对发酵液过滤，收集上清，获得粗肽液；然后对所剩杂质，重复酶解、发酵和过滤的过程，再次得到粗肽液；用G‑15葡聚糖凝胶柱对两次所得粗肽液纯化，再用凝胶色谱分离得到含有氨基酸片段为天冬氨酸‑精氨酸‑组氨酸‑赖氨酸的小肽液将所得小肽液干燥并除潮，得叶子鱼小肽；该发明提供的方法改善了小肽苦味及易潮的问题，同时所得小肽用于保育猪饲料中，改善了保育猪肠道发育和生长性能，缓解了夏季热应激和冬季冷应激，提高了养殖效益，为养猪生产提供了优质蛋白源。