本发明提供基于头脑风暴算法的集群编队控制方法、系统及存储介质，涉及集群编队仿真技术领域。包括：在解空间中随机生成N个初始解；对N个初始解进行聚类分析，得到m个聚类，对聚类中所包括的初始解按照代价函数值进行排序，获得聚类对应的聚类中心；随机选择一个聚类中心，在获得混沌解序列的情况下，对混沌解序列中所包括的混沌解按照代价函数值进行排序，获得最优混沌解，用最优混沌解替代随机选中的聚类中心；基于所有的聚类中心，对应每一初始解生成一个辅助解；基于每个辅助解对初始解进行更新，以获得每一初始解的新解；对所有的新解按照代价函数值进行排序，输出最优新解；将所述最优新解配置为集群编队的控制量，更新集群编队的状态。