本发明公开了半极性氮化镓外延层结构制造系统，属于半导体光电器件技术领域，包括双气流反应本体，双气流反应本体的两侧对称安装有出气座和进气座，双气流反应本体的后端开设有密封板，密封板用于将气流反应本体与外界进行贯通或者隔离，双气流反应本体的内部设置有支撑顶座、反应腔和支撑底座，反应腔位于支撑顶座和支撑底座之间，支撑顶座位于支撑底座的上方，支撑顶座内部的中间位置固定安装有液压缸，液压缸的下端连接有液压柱，液压柱的下端固定安装有反应罩；本发明还公开了半极性氮化镓外延层结构制造方法；本发明用于解决现有方案中半极性氮化镓外延层结构制造的良品率不能动态监测并调整提升的技术问题。