本发明涉及一种半导体器件的测量方法、装置及存储介质，半导体器件具有半导体结构，半导体结构中形成有多个开孔，该多个开孔在第一横向上呈多行排布，半导体器件的测量方法包括：利用扫描电镜对暴露于半导体结构表面的多个开孔进行扫描，得到平面多孔图；读取平面多孔图的灰阶数据，灰阶数据包括平面多孔图中各个像素点的灰阶值；根据灰阶数据，从平面多孔图中确定每行开孔所在的行多孔区域；确定行多孔区域中各个开孔的轮廓；根据各轮廓计算出各相对应开孔的尺寸，从而在测量三维存储器的沟道孔尺寸的过程中，能够避免扫描电镜图像中不同行沟道孔所在的图像区域在各灰阶值上的像素分布差异大而导致测量结果准确度低的问题。