本申请提供了一种半导体器件、其制作方法以及三维存储器，半导体器件包括衬底、堆叠结构以及介质层，堆叠结构位于衬底上，堆叠结构包括沿远离衬底的方向交替叠置的绝缘介质层以及金属层，堆叠结构的一端具有台阶区域，台阶区域包括多个台阶，介质层覆盖在堆叠结构以及台阶区域的远离衬底的表面上，还包括凹槽、虚拟沟道填充层和接触孔填充层，凹槽贯穿介质层、堆叠结构至衬底中；虚拟沟道填充层和接触孔填充层沿远离衬底的方向依次叠置在凹槽中，凹槽两侧的距离衬底最远的金属层为预定金属层，接触孔填充层与预定金属层接触，接触孔填充层通过虚拟沟道填充层与其他的金属层隔离。本申请保证了半导体器件的接触孔以及虚拟沟道孔的工艺窗口较大。