本实用新型公开了一种用于蛋白质检测的高场不对称波形离子淌度装置，特点是：包括电喷雾离子源、第一组电极板、第二组电极板、质谱仪、正弦波电源、高场不对称波形电源、和直流电源，第一组电极板的一侧设置有进样入口，第一组电极板和第二组电极板前后同轴平行设置，第一组电极板间构成预退火区，第二组电极板间构成分离区，第二组电极板后端连接质谱仪，第一组电极板与正弦波电源及温度控制模块连接，第二组电极板与高场不对称波形电源及直流电源连接，电喷雾离子源产生的蛋白质样品离子在载气推动下通过预退火区和分离区，适用于有立体异构体及中间体的复杂结构分子检测，尤其是蛋白质检测，优点是：提高检测的分辨率和灵敏度，重复性好。