本实用新型公开了一种磁控溅射的双靶结构，包括靶座、靶头出水管座、第一法兰、第二法兰和手动挡板阀，所述靶座的外侧安装有十字槽盘头螺钉，且十字槽盘头螺钉固定靶座与靶头出水管座的上侧，所述直线轴承的外侧设置有气管，且气管的上端通过第一气管接头与靶座相连接，所述靶头出水管座的下端固定有滑台连接座，且滑台连接座的外侧连接有滑台，所述滑台的删改你上端固定有法兰安装座。该磁控溅射的双靶结构，在同一法兰上可以设置两个磁控溅射靶头，两个靶头可以互不影响地各自同时工作来制备两种不同材料的复合膜，并且其纳米薄膜的组分比例可控，亦可以分别按顺序工作从而在不开腔的情况下制备多层膜，给磁控溅射工作提供了极大的便利性。