本申请公开了一种晶圆对准方法、装置及半导体器件，方法包括：在出现对准失败时，从已采集的整个晶圆的平整度图中获取位于预设位置的曝光场内的平整度数据，预设位置的曝光场内包含多种类型的对准标记，且在使用预设类型的对准标记进行对准时出现对准失败；判定位于预设位置的曝光场内的平整度数据是否符合预设条件；若不符合预设条件，则从平整度图中读取位于预设位置的曝光场内除预设类型对准标记之外的其他类型对准标记，并从成功读取的其他类型的对准标记中选择一种其他类型的对准标记进行晶圆对准，以避免由于晶圆平整度图发生局部焦距异常，造成对准失败直接进行返工的问题，进而达到降低晶圆返工率的目的，降低生产成本。