本发明提供了一种自对准图形化方法及半导体器件，所述方法包括：提供一衬底，在衬底上依次形成停止层与芯轴层；刻蚀芯轴层以形成多个芯轴；形成侧墙，所述侧墙覆盖芯轴的侧壁；形成保护层，所述保护层覆盖停止层并至少暴露出芯轴的顶部；以及依次去除芯轴与保护层。在形成覆盖芯轴侧壁的侧墙之后，先形成保护层，保护层覆盖停止层，之后再去除芯轴，保护层能够在去除芯轴的过程中保护停止层，避免停止层受到损失高度降低，从而减小停止层在侧墙内外的高度差异，减小工艺过程中缺陷的发生率，提高图形传递的质量，提高产品良率。