本公开实施例公开了粒子束成像降噪方法与装置。其中，粒子束成像降噪方法包括：使用粒子束对成像区域做行扫描，获取行扫描图像信号；在所述行扫描的有效时间内，从所述行扫描图像信号中获取所述行的第一图像信号；在所述行扫描的非有效时间内，从所述行扫描图像信号中获取所述行的噪声信号；根据所述行的噪声信号，获取所述行的平均噪声信号；根据所述行的第一图像信号和所述行的平均噪声信号，获取所述行的第二图像信号，从而对成像区域的噪声进行逐行估计和消除，噪声估计准确，能良好跟踪噪声在不同位置和不同时间的变化，有效提高成像质量。