公开了一种用于通过带电粒子束自动化长期加工样品的方法和带电粒子束系统。该带电粒子束系统包括带电粒子源，该带电粒子源具有发射带电粒子的尖端(20)、引出电极(22)、抑制电极(21)、用于用引出电压偏置所述引出电极的第一可变电压源、用于用抑制电压偏置该抑制电极的第二可变电压源。该系统进一步包括控制器，该控制器被配置为：通过将聚焦带电粒子束在该样品的表面上进行扫描来加工该样品，该聚焦带电粒子束具有束电流；在加工该样品时，测量该束电流和该抑制电压；在第一预定义范围内调节该抑制电压，以将该束电流保持在第二预定义范围内；如果该束电流因为该抑制电压接近该第一范围的极限而超出该第二范围，则中断该样品的加工；执行源恢复过程；以及在执行该源恢复过程后继续加工该样品。