本发明涉及半导体器件制造技术领域，尤其涉及一种半导体结构的量测装置及其量测方法。所述半导体结构的量测方法包括如下步骤：提供一参考区域，所述参考区域的表面平整度小于或者等于一量测装置自身的背景平整度；采用所述量测装置量测所述参考区域的形貌，获取参考量测结果；采用所述量测装置量测一待测晶圆中一图案区域的形貌，获取初始量测结果；自所述初始量测结果中移除所述参考量测结果，获取所述图案区域的校准量测结果。本发明能够有效的消除量测装置本身的背景平整度对待测晶圆中图案区域量测结果的影响，实现了对待测晶圆量测结果准确度的提高，有助于改善半导体器件的性能。