本公开提供了一种半导体结构及其制备方法、半导体器件，涉及半导体芯片技术领域，旨在简化半导体结构的制作过程。半导体结构的制备方法包括：在衬底的切割道区形成第一凹槽；在衬底上形成第一叠层结构，并在第一叠层结构中形成第二凹槽和隔离凹槽；第一叠层结构包括交替堆叠的绝缘层和牺牲层，第二凹槽在衬底上的正投影与第一凹槽重叠，隔离凹槽位于衬底的芯片区；在第一叠层结构远离衬底的一侧形成第二叠层结构，第二叠层结构中经过第二凹槽的部分形成凹陷，凹陷作为第一对位标记；第二叠层结构包括交替堆叠的绝缘层和牺牲层。上述半导体结构应用于半导体器件中，以实现数据的读取和写入操作。