本发明提供了一种阀体结构及具有其的晶圆清洗系统。其中，阀体结构包括：阀座，具有进液口、出液口及过液口，过液口与喷液结构的喷液嘴连通；第一阀体组件，包括第一阀针，第一阀针设置在阀座内，以使进液口和过液口连通或断开连通；第二阀体组件，包括第二阀针，第二阀针可活动地设置在阀座内，以使出液口和过液口连通或断开连通；其中，当第一阀针运动至连通进液口与过液口的第一位置时，进入至进液口内的液体从过液口排出；当第二阀针运动至出液口与过液口连通、第一阀针运动至进液口与过液口断开连通时，缓存在喷液嘴内的液体被回吸至出液口内。本发明解决了现有技术中清洗液易残留在喷液嘴上的问题。