本申请公开了一种硅光器件的制造方法、硅光器件及光子集成线路，硅光器件包括两个输入波导、两个输出波导和由多个像素块组成的矩形模块，输入波导与输出波导相对设置于矩形模块的两侧，矩形模块用于对由输入波导输入的信号进行处理，其中，硅光器件的制造方法包括：获取目标传输矩阵；将目标传输矩阵输入到结构生成模型中进行预测以得到二维码结构；根据二维码结构对矩形模块进行刻蚀处理。本申请实施例通过结构生成模型获取目标传输矩阵对应的二维码结构，并根据该二维码结构对矩形模块进行刻蚀处理，从而得到具有特定功能的硅光器件，同时，减少了模拟器件花费的时间和资源，能够有效缩短硅光器件的设计制造周期。