本公开提供了一种半导体结构及其制备方法、三维存储器、存储系统、电子设备，涉及半导体芯片技术领域，旨在降低工艺难度。半导体结构的制备方法包括：在衬底的第一侧形成叠层结构；形成沟道孔；在沟道孔内形成第一沟道结构，第一沟道结构包括：存储功能层和第一沟道层以及插塞，第一沟道结构包括第一部分和第二部分，第一部分为第一沟道结构位于衬底中的部分，第一部分至少包括存储功能层的底壁以及第一沟道层的底壁，第二部分为第一沟道结构位于叠层结构中的部分；去除衬底以及第一部分，暴露出第二部分的部分表面；经由部分表面，对第一沟道层进行处理，得到第二沟道层；形成源极层。所制备的半导体结构用以实现数据的读取和写入操作。