本公开提供了一种半导体结构及其制备方法、三维存储器、存储系统、电子设备，涉及半导体芯片技术领域，旨在解决如何在堆叠结构上制备接触孔的问题。所述制备方法包括：在衬底上形成第一初始堆叠结构，第一初始堆叠结构包括层叠设置的多个膜层对。在第一初始堆叠结构远离衬底的一侧形成第二堆叠结构，第二堆叠结构包括位于阵列区和连接区的选择栅线层。至少将栅极牺牲层中位于阵列区的部分替换成栅极层。形成贯穿第二堆叠结构的开口，开口位于连接区。基于具有开口的第二堆叠结构，刻蚀第一堆叠结构，形成接触孔。在开口和接触孔中形成接触结构，接触结构与对应的栅极层电连接。上述半导体结构应用于三维存储器中，以实现数据的读取和写入操作。