本发明涉及半导体技术领域，尤其涉及一种发光滤光集成光电子芯片及其制备方法。所述发光滤光集成光电子芯片包括：透明衬底，所述透明衬底包括正面、以及与所述正面相对的背面；透明LED器件，位于所述透明衬底的正面，包括沿垂直于所述正面的方向依次叠置的缓冲层、n‑GaN层、InGaN/GaN量子阱层、p‑GaN层，所述透明LED器件至少能够沿所述背面指向所述正面的方向发射具有第一波长的发射光信号；滤光器件，位于所述透明衬底的背面，用于透过第二波长的激发荧光信号、并阻挡所述发射光信号，所述第二波长大于所述第一波长。本发明简化了荧光分析过程中的光路结构，并有助于提高荧光分析结果的准确度和可靠性。