本发明公开了一种实时傅立叶红外光谱辐射测量系统及测量方法，该测量系统包括望远观瞄模块、光学模块、电机驱动模块、探测与采集模块、数据处理模块、主控模块；测量方法包括程：目标红外辐射经望远观瞄模块会聚收集后，在电机驱动模块作用下，光学模块对其进行干涉调制完成干涉分光，会聚后进入探测与采集模块，完成光电转换及数字化采样，而后经数据处理模块完成实时光谱反演，最后进入主控模块，进行系列处理，完成目标红外辐射参数的实时测量。本发明的测量系统及测量方法，实现了高灵敏度、宽波段、高分辨率的实时红外光谱辐射参数获取，并实现了环境背景以及仪器自身辐射等外界干扰因素的剔除。