一种分离栅沟槽MOS器件及其制造方法，制造方法中先在基底中刻蚀形成第一深度沟槽，并先在第一深度沟槽的底部和侧壁上依次形成第一场氧化层和第一保护层之后，再从该第一深度沟槽的底部进行刻蚀，依次把第一深度沟槽的底部的第一保护层和第一场氧化层刻蚀掉之后，继续刻蚀形成第二深度沟槽，形成侧壁保护层，由于有了侧壁保护层的保护，可以对第一深度沟槽进一步进行刻蚀，形成第二深度沟槽，并且，在第二深度沟槽内的屏蔽栅与第二深度沟槽的高度相等，再在该屏蔽栅上方形成极间隔离层时，使得能够更好的控制极间隔离层的厚度，避免屏蔽栅和控制栅之间不漏电，也能了也能避免较厚的极间隔离层造成应力影响晶圆应力，提高晶圆的均一性。