本申请涉及一种碳化硅结势垒肖特基二极管及其制备方法。其中，碳化硅结势垒肖特基二极管的制备方法包括：提供碳化硅衬底并在碳化硅衬底的上表面形成N型外延层；在N型外延层的上表面形成第一硬掩膜，并在第一硬掩膜上刻蚀出若干等距的第一开口；在第一硬掩膜和N型外延层之上形成第二硬掩膜，第二硬掩膜的厚度小于第一开口的宽度的一半；对第二硬掩膜进行刻蚀，直至暴露N型外延层；向第二开口注入P型离子；清除第一硬掩膜和第二硬掩膜并在N型外延层的上表面形成肖特基金属层。本申请可以摆脱既定的光刻制程和刻蚀线宽的限制，在不增大肖特基接触的前提下，通过进一步减少P型注入区的表面积大小，使得肖特基结在肖特基接触中的面积占比增大。