本发明提供一种多次可编程存储器及其制备方法。其中，本发明将部分栅极结构置于第一凹槽中，形成阶梯式的栅极结构，增大了第一阱区与栅极结构的接触面积，缩小电子进入栅极结构的距离，提高器件的编程和擦除效率，降低工作电压，降低器件能耗。且部分栅极结构位于第二凹槽中，则相较于平面式的结构，设置在第二凹槽中的栅极结构与第二阱区的接触面积增大，提高了电容的耦合效率，提高器件的响应速度。此外，第一凹槽和第二凹槽的设置，使得栅极结构呈下沉式结构。则在相同的器件性能下，本发明提供的所述多次可编程存储器的单位面积比将栅极结构设置在平面上的器件面积较小。