一种步进扫描光刻机晶片台掩模台控制系统，其特征在于：它由主控制模块[13]、晶片台控制模块[12]、掩模台控制模块[10]和同步控制模块[11]组成。本发明采用带有扰动控制器的同步控制降低了扰动对晶片台及掩模台运动精度和稳定性的影响，引入同步控制补偿器，减小了同步误差，并最终改善了光刻机的精度。本发明不仅可以实现扫描曝光过程所需的步进扫描运动，而且能提高机构的精度和稳定性。本发明即适用于光学扫描投影光刻机，可适用于极紫外扫描曝光机，以及其它微细加工设备的同步控制。