本发明涉及一种半导体刻蚀设备中控制分子泵的方法，包括先后执行的开启流程和关闭流程，开启流程包括：判断干泵是否开启，若否，则发出分子泵启动报警；判断腔体压力是否小于分子泵开启压力；若否，则等待干泵抽真空完成；启动分子泵，同时开始记时器；判断分子泵是否正常加速状态；判断分子泵是否稳定工作；关闭流程包括：关闭气动阀三；关闭摆阀；延迟一定时间后，开启计时器；判断分子泵是否正常停止运转；关闭吹扫阀；关闭隔离阀。通过本发明的方法能控制自动检测反应腔室的压力等条件，启动和关闭分子泵，并且在分子泵不正常工作时发出报警，起到保护和自动控制反应腔室压力的作用，使复杂的分子泵操作过程变得简单和可靠。