一种用于沟槽内的具有不同的氧化物厚度的沟槽肖特基二极管的制造工艺，包括：在衬底表面上形成第一氮化物层，并且随后在衬底中形成多个沟槽，可能包括端部沟槽。在牺牲氧化物层形成和除去之后，所述沟槽的侧壁和底表面被氧化。第二氮化物层随后被施加于所述衬底并被刻蚀，从而使所述第二氮化物层覆盖沟槽侧壁上的氧化物层，但露出沟槽底表面上的氧化物层。然后，所述沟槽底表面被再氧化，剩余的第二氮化物层接着被从侧壁除去，导致在每个沟槽的侧壁和底表面上形成具有不同厚度的氧化物层。然后，所述沟槽被用P型多晶硅填充，第一氮化物层被除去，并且肖特基势垒金属被施加于所述衬底表面。