本实用新型涉及一种机械手码垛系统，包括：输送系统，用以接收并输送物品；主要剔除站扫描仪，扫描经过输送系统输送的物品的条形码，其中未被主要剔除站扫描仪成功读取条形码的物品被推至主要剔除站；分拣系统，连接该输送系统，用以根据物品的预设最终通道将物品分拣入分拣通道；多个分拣区，每一分拣区至少包括一分拣通道，每一分拣通道首端连接该分拣系统，以输入该物品组成的队列；码垛站，其上放置多个用以承载物品的托盘；码垛机械手，设于分拣通道尾端与码垛站之间，以将分拣通道内的物品队列拣取并码垛到码垛站的托盘上；以及托盘输送机，连接该码垛站，用以将托盘输送至仓库储存。