一种晶圆级系统封装方法及封装结构，封装方法包括：提供器件晶圆，包括器件区以及环绕器件区的切割道区，器件区的器件晶圆中集成有第一芯片，器件区的器件晶圆正面粘贴有第二芯片；刻蚀切割道区的正面，在器件晶圆内形成沟槽，沟槽至少延伸至第一芯片背向正面的表面；在器件晶圆的正面形成覆盖第二芯片的封装层，封装层还填充于沟槽内。本发明在形成封装层之前，在切割道区的器件晶圆内形成沟槽，因此封装层还位于沟槽内，从而减小后续切割工艺对器件晶圆造成的损伤，降低器件晶圆发生开裂的概率，相应降低第一芯片发生脱落的概率，而且沟槽中的封装层还对第一芯片起到保护作用，降低第一芯片受潮或被氧化的概率，从而提高封装体的性能。