本发明提供一种用于薄膜芯片键合的具有微结构凸起的柔性底座制作方法，属于微纳米制造领域。该底座用于薄膜芯片的键合，属于微纳米制造领域。首先，利用已成型的薄膜芯片作为凸模模具，通过浇注成型工艺，获得与薄膜芯片结构共形的柔性凹模；随后，利用光刻工艺在柔性凹模上制作出包围凹模结构形状的微结构凸起，从而得到具有微结构凸起的柔性底座。利用该柔性底座进行薄膜芯片的辅助键合，以加强薄膜芯片微结构周围的键合强度。本发明可根据薄膜芯片结构，制作出与之共形的凹模；并利用光刻技术可控制微结构凸起的形状和结构高度，从而实现对薄膜芯片键合的控制。