本发明提供一种键合用晶圆、键合结构以及键合方法。所述键合方法包括如下步骤：提供键合用的第一晶圆和第二晶圆；在第一晶圆和第二晶圆上形成对准标记，对准标记包括晶圆表面图形或者晶圆通孔。至少有一个晶圆具有通孔，透过该晶圆通孔可以观察到另外一个晶圆的对准标记；以第一晶圆和第二晶圆上的对准标记为基准，将第一晶圆和第二晶圆键合。本发明由于采用晶圆通孔实现可见光同时观察两个晶圆对准标记的直接对准键合，不需要透过硅晶圆的红外辅助装置或者对两个晶圆分别预先定位的机械对准过程，并且对晶圆的透光性无特别要求。