本发明实施例提供了一种半导体工艺设备中传输系统的控制方法和半导体工艺设备，应用于半导体装备技术领域，该方法包括：获取机械手当前时刻的位置坐标，以及各工位的干涉区域坐标，分别判断位置坐标是否与各工位的干涉区域坐标重叠，对于干涉区域坐标与位置坐标重叠的工位，向半导体工艺设备中的控制主机发送与该工位对应的互锁启动信号，禁止该工位的运动机构动作。当机械手故障时，无需停止与机械手相关的所有运动机构，可以避免降低半导体工艺设备的生产效率。