本发明公开了MEMS集成封装结构及其制备方法，MEMS集成封装结构包括树脂基板，所述树脂基板上倒装设置有MEMS芯片，MEMS芯片与所述树脂基板之间具有焊球高度的间隔且焊球通过引脚引至所述树脂基板的外表面，MEMS芯片外部包覆有一层真空成腔覆膜层，真空成腔覆膜层与所述树脂基板的结合处位于所述焊球的外侧使所述MEMS芯片与树脂基板的间隔处形成真空腔，真空成腔覆膜层外通过环氧注塑料与所述树脂基板封装形成环氧树脂包覆层。本发明通过真空成腔覆膜工艺实现MEMS芯片与树脂基板的第一次封装，并在MEMS芯片与树脂基板之间形成一层真空腔，在通过高压注塑进行第二次封装，在实现同样两次封装效果的同时，节省了封装等待时间和工艺流程，节约了封装成本。