本申请实施例提供一种多元素同位素电磁分离器及离子源位置确定方法，涉及同位素分离技术领域，用于解决同位素分离器只能对一种元素的多种同位素进行分离的问题。本申请实施例提供的多元素同位素电磁分离器，包括真空室、离子源、驱动场以及接收器。其中，离子源用于向真空室内发射离子，离子源的数量为多个，多个离子源中，至少有两个离子源发射的离子元素不同；驱动场用于驱动离子加速运动和在真空室内偏转；接收器的数量为多个，且接收器的数量与离子源的数量一致，每个接收器均设置在其对应的离子源发射的离子加速运动和偏转后的路径上，用于接收对应的离子源发射的离子的多种同位素。本申请实施例提供的多元素同位素电磁分离器用于分离同位素。