本发明公开了一种掩膜版交接工位的标定方法及装置，包括如下步骤：将版叉移动到第一位置并记录该第一位置的坐标，其中所述第一位置与交接入口位无干涉，且版叉至少部分伸入交接入口位；在所述第一位置，执行交接入口位的位置标定，以获取所述交接入口位的第一标定坐标；以及在纵向上距离所述第一位置指定距离的第二位置，执行交接末端位的位置标定，以获取交接末端位的第二标定坐标；基于所述第一标定坐标和第二标定坐标确定所述交接工位的坐标位置。本公开的方法可以有效的提高掩模版精确标定的效率，提高交接工位标定的精度以及标定过程中的安全性，尤其显著提高成批量的掩模传输精确标定工作效率。