本发明公开了一种自对准的氧化镓结势垒肖特基二极管及其制造方法，涉及氧化镓半导体及其制造技术，针对氧化镓结势垒肖特基二极管制造时光刻对准次数多等缺陷提出本方案。包括三维鳍式沟槽结构的制作步骤；PN结的制作步骤和电极的制作步骤；在N型氧化镓漂移层上表面铺设图形化的半牺牲肖特基金属层，利用所述半牺牲肖特基金属层作为掩膜对N型氧化镓漂移层进行刻蚀，制作出三维鳍式沟槽结构。优点在于，先制备二极管中的半牺牲肖特基金属层，直接采用该半牺牲肖特基金属层做为刻蚀氧化镓的掩膜。使半牺牲肖特基金属层与氧化镓肋条形成自对准的肖特基接触，直接规避了在肋条顶部去除P型氧化物半导体层及铺设肖特基金属层时必要的光刻对准工作。