本申请提供一种电光晶体薄膜、制备方法及电子元器件，在薄膜基体上制备第一掩膜；向薄膜基体注入第一离子，在薄膜基体内形成第一注入层；去除第一掩膜；在薄膜基体上制备第二掩膜，第二掩膜的图案与第一掩膜的图案相反；向薄膜基体上注入第二离子，在薄膜基体内形成第二注入层，第二注入层的图案与第一掩膜相同；去除第二掩膜；将薄膜基体与支撑基板键合，得到键合体；对键合体热处理，使薄膜基体在第一注入层和第二注入层处分离，得到电光晶体薄膜。通过两次离子注入，剥离掉余质层后可以得到具备光波导结构的电光晶体薄膜，这样既可以避免刻蚀方法制备光波导结构对薄膜层带来损伤，又可以避免对薄膜材料刻蚀效率低下的问题。