本发明提供了一种半导体器件的缺陷检测方法、装置及电子设备，应用于半导体领域。由于本发明实施例中提供的缺陷检测方法将两个光源之间的距离设置为预设固定距离，之后再按所述预设固定距离为移动步长移动所述载物台，从而实现无论所述载物台的移动误差多大，两个间距不变的光源照射在两个待检测芯片上的检测光束永远在该两个待检测芯片的相同位置处，即，两个光源得到的微观图形总是一样的，得到的反射信号也会一样，因此，同步对比这两个光源的得到的信号差异就可以用来确认待检测芯片是否存在表面缺陷。