本发明涉及机器人技术领域，具体涉及一种除草机器人控制系统及控制方法。该系统包括除草机器人、存储室以及与除草机器人通信的后台端；除草机器人上设有定位模块、扫描模块、处理模块和存储模块；存储室内设有充电装置；存储室开有供除草机器人进出的通道开口；还包括磁导线，所述磁导线从充电装置处开始，沿存储室的室内边界及工作区域边界一周后回到充电装置处，形成一个闭合区域；除草机器人上还设有电磁传感器；后台端内存储有工作地图，所述工作地图为基于基准地图、存储室的室内地图及工作区域的室外地图形成的拓扑地图，所述基准地图为磁导线形成的闭合区域。本申请可避免人工二次修剪的情况，同时能够让除草机器人全程智能化移动。