本申请提供了一种半导体器件及其制备方法、存储系统，涉及半导体芯片技术领域，用于降低制备半导体器件的工艺难度、缩短制备工艺流程，提高制备效率，降低制备成本。所述半导体器件的制备方法包括：提供三维阵列结构；三维阵列结构包括衬底、第一停止层、第二停止层和叠层结构。形成贯穿叠层结构并延伸至衬底的沟道孔。在沟道孔内形成沟道结构。去除衬底和沟道结构延伸至衬底的部分至第一停止层。刻蚀第一停止层及存储功能层延伸至第一停止层的部分至第二停止层，暴露沟道层延伸至第一停止层的部分。形成源极层，源极层与沟道层暴露的部分形成电接触。上述半导体器件应用于三维存储器中，以实现数据的读取和写入操作。