本发明提供一种晶圆传输系统，包括传输腔、第一传输组件、加载腔、第二传输组件和校准腔，传输腔用于与反应腔室连通；加载腔的一侧与传输腔连通，另一侧具有传输口；第二传输组件用于通过传输口将晶圆传输至加载腔中的托盘上，以及由加载腔中的托盘上取下晶圆并将晶圆传出加载腔；校准腔中设置有校准组件，用于对托盘位置进行校准；第一传输组件用于将托盘传入校准腔中对托盘位置进行校准，并将校准后的托盘由校准腔中取出并传入加载腔中，还用于将承载有晶圆的托盘由加载腔中取出并传入反应腔室中。在本发明中，第一传输组件能够配合校准腔对托盘的位置进行校准，实现碳化硅晶圆的自动化传片、取片。本发明还提供一种半导体工艺设备。