本公开实施例涉及半导体领域，提供一种半导体结构及其制造方法，方法包括：提供基底；在基底内形成多条沿第一方向延伸的第一沟槽，第一沟槽将基底形成间隔排布的半导体层，并在第一沟槽内填充第一隔离层；在半导体层和第一隔离层内形成多条沿第二方向延伸的第二沟槽，第二沟槽的深度小于第一沟槽的深度，以将半导体层形成多个分立的半导体柱和位于半导体柱下方的初始位线；在低于第二沟槽的位置形成平行于第一沟槽的第三沟槽，在垂直于半导体柱侧壁的方向上，第三沟槽的宽度大于第二沟槽的宽度；在第二沟槽和第三沟槽内填充第二隔离层，其中，第三沟槽内的第二隔离层内具有空隙。本公开实施例至少可以提高半导体结构的电学性能。