本申请实施例提供一种器件隔离结构及其制造方法、半导体器件。该制造方法包括：在衬底的第一区域进行第一离子注入形成埋层；在衬底的第二区域进行第二离子注入形成预参杂，第二区域围绕第一区域的外周设置，预参杂中的离子的热扩散能力大于埋层中的离子的热扩散能力；在衬底的设置有埋层和预参杂的一侧形成外延层；对应第二区域在外延层上进行第三离子注入形成深阱；进行热退火处理，使埋层、预参杂和深阱中的离子进行热扩散，而使埋层、预参杂和深阱依次连接，埋层、预参杂和深阱包围的内部区域为器件区域。本申请实施例可将厚外延层下的深埋层引出，实现有效隔离高压器件和低压器件，且能兼容现有工艺，有利于降低加工成本和缩短制造周期。