本申请公开一种高电阻率复合衬底、制备方法及电子元器件，属于半导体技术领域，在衬底层上制备第一厚度的多晶硅层；在多晶硅层上制备吸杂层，得到预制备体，其中，吸杂层的材料为二氧化硅、氮化硅或氮氧化硅；对预制备体进行退火处理，使预制备体内杂质由第一界面向第二界面方向迁移；去除吸杂层以及第二厚度的多晶硅层，使剩余的多晶硅层的厚度满足目标厚度要求，得到复合衬底。通过吸杂层与高温退火相结合的方式，激活衬底层与多晶硅界面处的杂质，并使杂质迁移至吸杂层与多晶硅层界面附近，然后通过去除吸杂层与靠近吸杂层附近的一部分多晶硅层的方式移除衬底层与多晶硅层界面的杂质，获得具有低损耗、高电阻率的复合衬底。