本发明提供一种晶圆的对准键合方法，包括：于底晶圆的正面形成保护层；于底晶圆的背面形成具有标记刻蚀窗口的掩膜图形；通过控制深反应离子刻蚀工艺的刻蚀参数，于标记刻蚀窗口内的底晶圆中形成黑硅材料标记，黑硅材料标记用以降低底晶圆对入射光线的反射率；去除保护层及掩膜图形；以黑硅材料标记作为对准光线入射口，采用光学对准工艺将底晶圆与顶晶圆进行对准，并键合底晶圆与顶晶圆。本发明通过控制深反应离子刻蚀工艺的刻蚀参数，在需要键合的晶圆背面制作出容易被对准识别的黑硅材料标记，该黑硅材料标记可以降低所述底晶圆对入射光线的反射率，使得在键合中让顶晶圆和底晶圆更加容易对准，两片晶圆键合更加完美。